离职后公司仍申报纳税的处理可能受特殊情况影响，以下是常见的例外情形及影响分析。
1. 公司系统错误：部分公司因 payroll系统未及时更新离职信息，导致自动申报。这种情况下，公司通常会配合更正，但需你主动提醒；若未及时发现，系统可能持续申报数月，增加税务记录修复的时间成本。
2. 离职手续未办结：若你离职时未办理完整的离职手续（如未提交离职申请、未领取离职证明），公司可能主张“未正式离职”，拒绝更正申报。此时需先补全离职手续，再要求公司更正，否则税务机关可能因证据不足无法支持你的诉求。
3. 公司已注销：若公司在你离职后注销，无法通过沟通要求更正，需直接向税务机关举报，由税务机关追溯公司的税务违法行为，但因公司已注销，可能无法追回你已补缴的税款，需通过法律途径向原公司股东追责。
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离职后公司仍申报纳税时，很多人会因不了解流程而出现错误操作，以下是常见的错误行为需避免。
1. 忽视申报记录：未及时查询个税APP的申报信息，导致错误申报持续数月甚至数年，错过最佳处理时机，增加税务信用修复难度。
2. 仅口头沟通：仅通过微信或电话与公司沟通，未保留书面记录，若公司后续否认，将无法证明你曾提出更正要求。
3. 自行补缴税款：发现申报异常后，未核实情况就自行补缴“虚增收入”对应的税款，导致个人承担不必要的经济损失。
若你已出现类似错误操作，或不确定如何挽回损失，可进一步向律师咨询补救措施。
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针对离职后公司仍申报纳税的问题，我们可依据相关法律法规分析其违法性及处理依据。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条：“纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。” 公司为离职员工虚假申报纳税，属于“虚假纳税申报”的偷税行为。
同时，《个人所得税法实施条例》第二十六条规定：“个人所得税法第十条第二款所称全员全额扣缴申报，是指扣缴义务人在代扣税款的次月十五日内，向主管税务机关报送其支付所得的所有个人的有关信息、支付所得数额、扣除事项和数额、扣缴税款的具体数额和总额以及其他相关涉税信息资料。” 公司对离职员工无支付所得的，无申报义务，继续申报属违规。因此，个人有权要求公司更正申报，或向税务机关举报。
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离职后公司仍申报纳税可能带来潜在的法律风险，以下是具体的风险点及实例说明。
1. 税务稽查风险：若公司利用你的信息虚报成本、偷逃税款，税务机关在稽查时会将你列为关联方调查。例如：某公司为离职员工申报虚假工资以增加成本，税务机关稽查时要求员工提供收入证明，员工因无法证明未实际取得收入，被要求配合调查长达3个月，影响正常工作生活。
2. 个税汇算清缴损失：若公司申报的虚增收入导致你年度综合所得超过6万元，需补缴税款。例如：离职后公司每月为你申报5000元工资，年度虚增收入6万元，你在汇算清缴时需补缴约1800元税款，若未及时发现，还可能产生滞纳金。

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